En una convención dada por el doctor octopus, Spiderman da un golpe fuera de la ley que sorprende a todos, especialmente a Peter Parker (el verdadero Spiderman). A partir de ese momento nuestro héroe favorito se va a tener que enfrentar tanto a sus miedos como a la opinión pública. Eso sin mencionar a todos esos supervillanos que quieren acabar con nosotros y que tienen gran parte de culpa de la situación actual de nuestro héroe.

Este argumento que da vida al juego sigue las normas que rigen las series de cómics, de hecho, entre fase y fase nos encontraremos con la portada de los cómics que estamos viendo en las diferentes fases. (solo existe en versión inglesa)